現在の民間認証制度と国家ライセンスでは何が違いますか?

まず、無人航空機操縦者技能証明制度(国家ライセンス制度)の資格は、「一等無人航空機操縦士(一等資格)」と「二等無人航空機操縦士(二等資格)」の2種類になります。

民間認証制度と国家ライセンス(二等)では国土交通省への申請の有無が大きな違いとなります。下記の表を参照ください。