現在の民間認証制度と国家ライセンスでは何が違いますか？

まず、無人航空機操縦者技能証明制度（国家ライセンス制度）の資格は、「一等無人航空機操縦士（一等資格）」と「二等無人航空機操縦士（二等資格）」の2種類になります。

民間認証制度と国家ライセンス（二等）では国土交通省への申請の有無が大きな違いとなります。下記の表を参照ください。